A második világháborúban a németek, nem okulva az elsőben szerzett tapasztalatokból, ismét megpróbálták búvárhajóikkal térdre kényszeríteni Nagy-Britanniát. A német tengeralattjárók parancsnoka, a tengernagyi beosztásban lévő Karl Dönitz sorhajókapitány 300 búvárhajót követelt; a háborút Németország 57 búvár- hajóval kezdte - ezekből 26-ot lehetett az Atlanti-óceánon bevetni. Ezért a németek mindent megtettek a tengeralattjárók gyártásának fokozására. Dönitz havi 30 új hajót szeretett volna, hogy megvalósíthassa a kitűzött célt: havi 700 ezer tonna ellenséges hajótér elsüllyesztését.
1941 nyarától kezdve hirtelen visszaesett az egy tengeralattjáróra és egy tengeren töltött napra eső elsüllyesztett szövetséges hajóűrtartalom, és a németeknek többé nem sikerült elérniük korábbi átlagos eredményeiket. Bár a tengeralattjárók számának növekedése következtében egy ideig még nőtt az elsüllyesztett hajók abszolút száma, de az idő Németország ellen dolgozott. Az újonnan gyártott tengeralattjárók száma képtelen volt lépést tartani a veszteségekkel. A gyártási előirányzat teljesítése nem sikerült; a legjobb, 1943-ban elért eredmény is csak 284 búvárhajó volt, többségükben ekkor már elavult típus.
És az elsüllyesztés? Itt a legnagyobb eredményt, valamivel több, mint 700 ezer tonnát a németek 1942 júliusában érték el, 3 hajójuk elvesztése árán. Ez a 700 ezer tonna azonban nem múlta felül az ellenfél - főleg az USA - által gyártott mennyiséget.
A brit és az amerikai hadvezetés által a német tengeralattjárók ellen kidolgozott ellenintézkedések 1943 tavaszán fordulatot hoztak. Több száz, nagy teljesítményű fényszórókkal felszerelt repülőgépet, hatásos radarkészülékeket, csak találat esetén robbanó vízibombákat vetettek be. Repülőgépekről olyan 10 kg-os, acéltestű, robbanóanyag nélküli rakétákkal lőtték a német tengeralattjárókat, amelyek még 50 m-es vízmélységben is átütötték ezek burkolatát.
1943 májusában a németek ugyan még a tengerfenékre tudtak küldeni 34 szövetséges szállítóhajót, 163 507 t vízkiszorítással, de ezért 41 elvesztett búvárhajóval fizettek (ebből 27 az Atlanti-óceánon süllyedt el). Ezért Dönitz, aki Erich Raeder utódaként ekkor már a német haditengerészet főparancsnoka volt - május 24-én leállította a szövetséges hajókaravánok elleni, eddig csoportosan végrehajtott támadásokat. Kisebb sikereket a németek ez után is értek el, de ezeket nem lehet a korábbiakhoz hasonlítani. A háború végén 153 tengeralattjáró adta meg magát.
A fegyverletételi feltételeknek megfelelően a tengeralattjárókat a szövetségesek meghatározott kikötőibe irányították. A brit admiralitás, hogy megbélyegezze a német tengeralattjáróknak a háború során a kereskedelmi hajók ellen intézett és a nemzetközi egyezményeket súlyosan sértő támadásait, azt követelte, hogy az angol támaszpontokra befutó tengeralattjárókra fekete zászlót vonjanak fel.
Végelszámolás
A Németország 57 tengeralattjáróval kezdte meg 1939-ben a kereskedelmi háborút, elsősorban az angol flotta ellen. A német tengeralattjárók számos meglepetésszerű sikert ériek el. Ehhez összesen 1153 tengeralattjárót gyártottak, amelyek közül 820 került harci alkalmazásra.
Nagy-Britannia és az USA új hajók építésével pótolták az elsüllyesztett hajóteret. A jelentős számú kereskedelmi hajón kívül még a következő tengeralattjáró-elhárító eszközöket gyártottak: 145 kísérőhajót, 1140 kísérőromboló és torpedórombolót, 570 fregattot és korvettet, 1000-nél több tengeralattjáró-vadászhajót (úgynevezett sloop-okat), 1563 különböző fajtájú tengeralattjáró-elhárítóhajót, összesen tehát 4418 hajót, más kötelékek hajóegységeivel együtt 4500-nál is többet. A harcba vetett 820 tengeralattjáró közül 718 semmisült meg.
A kereken 39 ezer főt számláló személyzetükből 32 ezer fő pusztult el. A szövetségesek kereskedelmi flottájának csaknem ugyanakkora embervesztesége volt a föld különböző tengerein. A német tengeralattjárók a szövetségesek és a semleges államok kereken 14, 5 millió bruttóregisztertonna hajóterét süllyesztették el.
A többi hadviselő fél tengeralattjárói sem számban, sem teljesítményben nem érték el a németeket. A szovjetek részben a Balti-, részben a Jeges - tengeren tevékenykedtek, nemegyszer túlzott eredményeket jelentve. A brit és az amerikai búvárhajók a német tengeralattjárók ellen harcoltak, de jelentős szerepük volt az Észak-Afrikában harcoló német és olasz erők utánpótlásának megbénításában is.
A Csendes-óceán térségében 45 szövetséges tengeralattjáró pusztult el, de a japánok összesen 5 320 094 t hajóteret és több mint 200 hadihajót vesztettek. Ez hozzájárult ahhoz, hogy a kivérzett és éhező Japán megadási ajánlatokat tett - még az anyaország területére történt partraszállás és az atombombák bevetése előtt.