A szigetek által határolt öböl már az első világháború éveiben is kiemelt stratégiai szerepet játszott a brit haditengerészet számára. Scapa Flow pusztán földrajzi fekvésénél fogva is különös jelentőséggel bírt, mivel az öböl kiváló támaszpont volt az Északi-tenger és az Atlanti-óceán közt húzódó vízi utak ellenőrzésére. Itt állomásozott a Home Fleet, Őfelsége flottája, és az első világháború éveiben itt rendezték be az Admiralitás főhadiszállását. Scapa Flow, mint haditengerészeti támaszpont, páratlanul jó fekvésű, egyszersmind roppant biztonságos: bejárata szűk és könnyen védhető.
A német haditengerészet az első világháború során két ízben is megkísérelt csapást mérni a Scapa Flow kikötőjében állomásozó brit flottára, ám mindkét alkalommal kudarcot vallott: mind az U-18, mind az U-116 megsemmisült, mikor megkísérelték a behatolást. A támaszpont védelmi rendszere jól vizsgázott a rajtaütések során, ám a britek a háború után további biztonsági intézkedéseket hajtottak végre: elaggott hajókat süllyesztettek el és víziaknákat telepítettek, így tették járhatatlanná a német megfigyelők által korábban felfedezett réseket. A brit Admiralitás biztos volt benne, hogy Scapa Flow ellen lehetetlen sikeres akciót végrehajtani: az öblöt roncsokból és aknákból felépített, áthatolhatatlannak látszó tengeri zár védte, a közlekedésre használt folyosókat pedig járőrök és megfigyelők tartották ellenőrzés alatt.
Mindezekkel összevetve egyáltalán nem csoda, hogy a Kriegsmarine tengerészei számára Scapa Flow hadászati szempontból inkább tabunak, mint potenciális célpontnak számított: a támaszpont csúfos fiaskók helyszíne volt, kerülendő terület, amely mind gyakorlati megfontolások, mind különféle tengerészbabonák miatt sérthetetlennek tűnt.
Karl Dönitz nem osztotta ezeket a hiedelmeket: Scapa Flow számára egy kiemelt katonai célpont volt, a brit flotta legfontosabb támaszpontja. A tengernagy nemcsak katonai, de pszichológiai szempontból is komoly értékkel ruházta fel a célpontot: tudta, hogy egy sikeres akció megrendítheti a brit Admiralitás önbizalmát, és megtörheti az általuk kifejtett ellenállást. Alig három napja folyt a háború Anglia ellen, amikor Dönitz megkezdte az előkészületeket egy Scapa Flow elleni támadásra. Minden rendelkezésre álló adatot bekéretett, és elemzés alá vonta őket. Az analízis eredményeképpen megvont konklúzió kiábrándító volt: az 1918. és 1924. közt készült katonai feljegyzések arról árulkodtak, hogy egy Scapa Flow elleni támadás a siker legkisebb reményével sem kecsegtet. Dönitz nem adta fel a reményt, arra kérte a 2. légiflottát, hogy végezzenek felderítő repüléseket a támaszpont térségében, amely során készítsenek minél több fényképet és szerezzenek minél több adatot. A szeptember 10-én végrehajtott küldetés azonban igen szerény eredményt hozott: a gépek mindössze egyetlen használható fotográfiával tértek vissza. Dönitz azonban kitartott elképzelése mellett, és bízott benne, hogy a térségben járőröző német tengeralattjáró hasznos információkkal fog visszatérni Németországba.
Az admirális szeptember végén személyesen találkozott az U-16 parancsnokával. Wellner korvettkapitány a szigetek körül járőrözött, és megfigyelte a járőrhajók mozgását, a szorosok bejáratait védő akadályrendszereket, a területen lévő áramlatokat és, ami a legfontosabb, rábukkant egy körülbelül 15 méter széles csatornára, amely a Kirk-szoroson át nyitott utat. "...Az északi átjáró egy elsüllyesztett gőzössel le van zárva. Dél felé a Lamb Hóim előtt a 7 méteres vízben egy 170 méteres nyílás van. A gőzöstől északra is van egy keskeny nyílás. A part mindkét oldalon lakatlan. Itt lehetségesnek tartom az áttörést, éjjel, dagálykor. A fő nehézséget a navigáció okozza." - szólt a korvettkapitány jelentése. Szeptember 25-én a 2. légiflotta újabb gépeket küldött a térségbe, amelyek további használható adatokkal szolgáltak. Mindemellett egy újabb, különösen hasznos forrás is hallatott magáról: Alfréd Wehring, az Abwehr ügynöke, aki az Orkney-szigeteken élt, és órásmesterként dolgozott a brit haditengerészeti bázis szomszédságában. A férfi napi kapcsolatban volt a támaszponton szolgálatot teljesítő katonákkal, és kiváló kapcsolatot alakított ki velük. Alfréd Wehring jelentéséből kiderült, hogy a támaszpont védelmi rendszere ugyancsak alavult, a víz alatti védőhálók hiányosak és rossz állapotúak, a védelmi lánc szintén hiányos, a megfigyelő - és jelzőrendszer pedig kezdetleges. Nyilvánvaló volt hát, hogy a britek biztonságérzete szilárd, és egyáltalán nem számítanak támadásra.
A szerzett adatok alapján úgy tűnt, hogy a Scapa Flow elleni küldetés, bár rendkívül veszélyes és több ponton is bizonytalan, mégis kivitelezhető. Már csak a megfelelő embert kellett kiválasztani, aki képes végrehajtani egy ilyesféle támadást: az igen kockázatos feladatra egy tapasztalt és merész kapitány kellett. Dönitz az U-47 kapitányát, Günther Prien tengerész-főhadnagyot szemelte ki a küldetés végrehajtására.
Prien ismert katona volt: harcolt a spanyol polgárháborúban, majd a II. világháború első heteiben három kereskedelmi hajóval csökkentette az ellenséges flotta szállítókapacitását. Prien ezúttal sem okozott csalódást: azonnal elvállalta a sokak szerint teljesíthetetlen, öngyilkossággal egyenértékű feladatot.
Mikor az U-47 kifutott, a búvárnaszád fedélzetén egyetlen embert volt, aki ismerte az előttük álló célpontot: maga a kapitány. A szigorú titoktartás miatt senki mással nem tudatta küldetésük részleteit, navigátorát és első tisztjét is csak azután avatta be, mikor az U-boot már elérte a nyílt tengert. Az U-47 teljes csendben lopakodott a célpont felé. Teljes rádiótilalom volt érvényben, a kapitány a fedélzeten is teljes csendet követelt: mindenféle hangoskodást megtiltott, de még a szolgálatban lévő tengerészek cipőjét is rongyokkal tekertette be.
U-47 elhagyta Kiel kikötőjét 1939. október 8-án. A tornyon még a régi emblémája van, ezt váltotta fel visszatérte után a "Fujtató bika".
Az U-47 október 13-án érte el az Orkney-szigeteket. Itt kapta meg a BdU morze-üzenete, amely kiadta a parancsot az akció végrehajtására.
Estére a hajó már a part közelében haladt. Jól láthatóvá váltak a tengeri zárat alkotó, mesterséges zátonyként elsüllyesztett hajók roncsai. Prien a toronyban állt, távcsővel kutatta a partvidéket - egy gépkocsi felvillanó reflektorait kereste. Nem sokkal később rálelt a jelre: a hajó megállt, néhány tengerész a partra evezett, és a fedélzetre szállították Alfréd Wehring ügynököt. Az Abwehr embere további fontos információkat adott át a kapitánynak, és megjegyezte, hogy nem éppen a legjobb időpontban kerítettek sort az akcióra, miután a flotta java kifutott, és a kikötőben alig néhány ellenséges egység található.
Október 17-e hajnalán az U-47 már Scapa Flow mellett volt. Prien parancsot adott a merülésre. A legénység elárasztotta a ballaszttartályokat, a búvárnaszád pedig 90 méter mélységre merült. Prien általános pihenőt rendelt el, csak a szolgálatban lévő legénység volt aktív, mindenki más nyugovóra tért, hogy az akció megkezdésekor pihentek legyenek, ezáltal is növelve a siker esélyeit. Az U-47 késő délutánra készen állt rá, hogy végrehajtsa a tengeri hadviselés történetének egyik legvakmerőbb küldetését.
Prien 19.00-kor adott parancsot az indulásra. A Hóim Sound felé vezető úton mindössze egyetlen kellemetlenség zavarta meg a tengeralattjárót. Már Rose Ness közelében jártak, mikor a megfigyelők ellenséges hajót észleltek, így 23.17-kor Prien parancsot adott a merülésre. Az U-47 a felszín alatt, észrevétlenül haladt el az öreg teher-gőzös mellett, majd újfent felemelkedett. Éjfél előtt elérték a Hóim Soundnál lévő átjárót. Prien felmérte az előttük lévő torlaszok alkotta védőrendszerét, és némi elégedetlenséggel vette tudomásul, hogy a vártnál némileg erősebb áramlás miatt csak a tervezettnél nagyobb sebességgel tudnak áthatolni a mesterséges zátonyok rendszerén.
Az U-47 növelte sebességét, és behatolt a mintegy 15 méter széles átjáróba. Prien megpróbálta középen tartani a búvárnaszádot, ám egy váratlan áramlás elsodorta a tengeralattjárót, és az U-47 orra beakadt egy elsüllyesztett hajó horgonyláncába. A kapitány azonban nem vesztette el lélekjelenlétét: „Bal gép állj!" Jobb gép lassan hátra!" - hangzott a parancs, a búvárnaszád pedig szépen kifarolt a csapdából. Ugyan a tengeralattjáró hasa egy ízben súrolta a tenger fenekét, és a hajó hátsó traktusa is nekikoccant egy akadálynak, Prien átvezette a tengeralattjárót az alig 15 méter széles folyosón, amelyet elsüllyesztett roncsok határoltak.
A következő bejegyzést, amely a hajónaplóba került, már az öbölben vetette papírra Prien. "Scapa Flowban vagyunk. Itt minden sötét, az egész öböl jól átlátható, Cava-tól délre semmi sem horgonyoz. Közelebb megyek." Az U-47 lassan, óvatosan bejárta a kikötőt, majd északnak fordult, abban bízva, hogy a jelentett egységek a támaszpont túlsó végében horgonyoznak. A tengeralattjáró egyre közeledett a kijelölt területhez, majd Prien azonosította a célpontokat: két csatahajót, illetve számos rombolót észlelt, a felderítés által jelzett repülőgép-hordozót azonban nem lelte. Két lehetősége volt: tovább kutatni, vagy támadást indítani. Prien megállította a tengeralattjárót, és kiválasztotta a célpontokat: úgy döntött, hogy a hajóhoz közelebb horgonyzó, mintegy 3000 méterre elhelyezkedő egységeket torpedózza meg. Günther Kiadta a támadásra felszólító parancsot, a legénység pedig elindította a torpedókat. A torpedóparancsnok négy torpedót indított, ám az egyik beszorult a csőbe. A torpedók 00.58-kor hagyták el a vetőcsöveket. Az U-47 ekkor észak felé fordult, hogy a hajó farába szerelt vetőcsövekből is támadhassa a célpontokat. Az első torpedó 01.01-kor csapódott be a brit csatahajóba. A detonációt azonban nem követték újabb robbanások: valószínűsíthető volt, hogy a gyújtószerkezet mondta fel a szolgálatot. Prien újfent tüzet vezényelt.
Három perccel később hangos robbanások sorozata hallatszott, és hatalmas tűzoszlop emelkedett az éjszakai égboltra, bevilágítva a kikötőt. A célpont sűrű, fekete füstöt eresztett, majd lassan megdőlt, és alámerült a hullámsírba. Nem sokkal később újabb találat mutatkozott, egy távolabb lévő rombolót talált el az egyik torpedó. A támaszpont közben felbolydult: az öbölben horgonyzó hajókon sorra gyulladtak ki a fények, mindenhonnan kiabálás hallatszott, megszólaltak a parti őrség szirénái, a kikötőt átszelő utakon pedig gépkocsik fényszórói rohantak. Az U-47 ekkor már alig 200 méterre úszott a parttól, vetőcsövei üresek voltak, egy alattomos áramlás pedig egyre beljebb sodorta a hajót a kikötőbe. Prien úgy döntött, hogy nem kockáztatja a legénység és a hajó épségét, és kereket old a helyszínről. "Egy csatahajó elsüllyesztve, egy további megsérült, három üresre lőttünk. Megkezdem a kifutást." - áll a hajónaplóban. A kapitány kiadta a parancsot a kormányosnak: irány dél. Az U-47 szerencsésen megúszta a vakmerő támadást, de még előtte állt egy nemkülönben nehéz feladat: át kellett navigálni a támaszpontot körülvevő tengeri záron. Az elsüllyesztett hajókból álló zátonyok bonyolult rendszere alaposan megnehezítette a kormányos dolgát, ám végül csak sikerült átvezetnie a hajót az akadályok útvesztőjén. Még az utolsó pillanat is tartogatott kellemetlen meglepetést: az U-47 már majdnem kiért a veszélyes területről, mikor egy meredek móló bukkant fel, egyenesen a hajó orra előtt. A kormányos csak gyors, erőteljes kormánymozdulattal tudott kitérni: a búvárnaszád az oldalára billent, és kevés híján nekisodródott a mólónak, de végül sikerült kitérnie az ütközés elől. "Erős kormánymanőver és 02.15-kor ismét szabadok vagyunk, csak egy könnyű sérülés van." - mondja a hajónapló bejegyzése. Az U-47 kiért Scapa Flow kikötőjéből, és nagy sebességgel távolodni kezdett.
A Home Fleet egységei eközben egymás után vonták fel a horgonyt, és indultak a támadó után. Vízibombák robbantak és ágyúk dörögtek, de az U-hajó ekkor már messze maga mögött hagyta a brit haditengerészet megkésve reagáló egységeit.
Az U-47, amint az később kiderült, elsüllyesztette a Home Fleet egyik büszkeségét, a 29.150 tonnás HMS Royal Oak csatahajót, és megrongálta a HMS Iron Duke egységet, amely olyan súlyos sérülést szenvedett, hogy két nappal később egy közelben becsapódó bomba hatására elsüllyedt. (Bár az U-47-ről kilőtt torpedó a mágneses gyújtószerkezet hibája miatt nem robbant fel, a hajótest páncéllemezeinek az illesztései a becsapódás következtében meggyengültek, így később már egy kisebb detonáció is hatalmas léket nyitott a hajótesten.)
Szemtanúk beszámolói alapján valószínűsíthető, hogy az U-47 búvárnaszádról indított torpedók még egy hajót megrongáltak - a HMS Pegasus sérülését azonban, miként a HMS Iron Duke-t ért találatot, soha nem ismerték el hivatalosan a brittek. A Scapa Flow elleni rajtaütés valódi súlyát mégsem a megrázó anyagi, inkább az elborzasztó személyi veszteségek adták ki: körülbelül 833 brit tengerész vesztette életét a támadás következtében.
Prien és az U-47 legénysége díszebéden Hitlernél.
Az U-47 1939. október 17-én 11.44 órakor futott be Wilhelmshavenbe, ahol hatalmas ünnepléssel fogadták. A hajó teljes legénysége meghívást kapott Berlinbe, ahol Hitler üdvözölte őket. A lapok vezércikkekben számoltak be a fegyvertényről, Günther Prien - a tengeralattjáró fegyvernem katonái közül elsőként - személyesen Hitlertől vehette át a Lovagkeresztet, az U-47 teljes legénysége pedig Másodosztályú Vaskereszttel lett kitüntetve. A tengeralattjáró flotta katonái új névvel ruházták fel Günther Prient: a kapitányt ettől kezdve Scapa Flow Bikája néven emlegették. És hogy teljessé tegyék a diadalt, a személyzet által az U-47 tornyára felkerült a legendássá vált egyéni jelzés, a fehérrel festett fújtató bika.
A brit Admiralitáson ellenben korántsem volt ilyen bizakodó a hangulat. A hadvezetés hírzárlatot rendelt el, majd, miután már nem odázhatták tovább a hivatalos bejelentést, az információ jelentős részét visszatartották: csak és kizárólag a HMS Royal Oak elvesztését ismerték el, a másik két hajóról, illetve a személyi veszteségek tényleges mértékéről mélyen hallgattak. A szigetország közvéleménye, bár csak korlátozott információhoz jutott, felháborodva fogadta a német rajtaütés hírét, a sajtó szinte pellengérre állította a haditengerészet vezérkarát. A büszke brit hadiflottát még sohasem alázták meg ennyire. A Scapa Flow ellen végrehajtott akció rádöbbentette az Admiralitást, hogy jóvátehetetlen hibát vétettek, mikor alábecsülték a német tengeralattjáró-flotta lehetőségeit.
