A haláltáborokról meglepően kevés forrás áll rendelkezésünkre. Hitler és náci gépezete kevés konkrét utasítást tartalmazó iratot hagyott hátra, így a történészek hiába várják annak az iratnak a felbukkanását, melyben Hitler követlenül a zsidók kiirtására utasítana. Hitler "bejelentésekkel kormányzott", s így a történészeknek a hitleri kódrendszert kell megfejteniük. Az elkövetőkről, a rendszer működtetőiről viszont fennmaradt sok ezer folyóméternyi iratanyag. A szörnyűséges folyamat kis részekre történt felosztása biztosítatta, hogy az abban részt vevők ne tekinthessék át az egész folyamatot. A "végső megoldás" technologizálása, a gáz, a vasúti közlekedés komoly szerepe, a nagy tömegek mozgatásának megszervezése is közrejátszott az elszemélytelenedésben. Ebben a "technológiai folyamatban" a végrehajtók számára, akik önmagukat "szakembereknek" tekintették, az áldozatok nem számítottak emberi lényeknek, és őszintén meglepődtek, mikor a háború után tömeggyilkossággal vádolták őket.
Haláltáborok
Az akkurátus szakszerűséggel vezetett - a háború végén részben elpusztított - náci nyilvántartásból kirajzolódik a több száz tábor, köztük tucatnyi megsemmisítőtábor rendszere. Típusa szerint a tábor sokféle lehetett: koncentrációs tábor, munkatábor, megsemmisítőtábor, és a további utazásig a deportáltakat befogadó ideiglenes gyűjtőtábor. Habár az elnevezések a tábor funkcióját jelölik meg, a háború végére mindegyik tábor haláltáborrá vált, hiszen a foglyok gyilkolása, elpusztítása mindenhol folyt. Hans Mommsen "halmozódó radikalizálódásnak" nevezi azt a folyamatot, ahogy a háború előrehaladtával a náci rendszer pusztító tendenciái felerősödtek. A háború megkezdése előtt a náci Németországnak még valamennyire fontos volt az ország nemzetközi megítélése, a nemzetközi kapcsolatok alakulása, ám az Európa erőd (Festung Europa) kialakulásával Németország elzárta magát a külvilágtól.
A náci hatalomátvételkor Németországban felállított koncentrációs táborok "csak" internálótáborok voltak, ahol a náci hatalomnak különböző okokból nem tetsző, a náci uralommal szembeszegülő személyeket gyűjtötték össze, hogy elkülönítsék, és felügyelet alatt tartsák őket. Az ellenzéket nem politikai ellenzéknek tekintették, hanem bűnözők gyülekezetének, egyet nem értésüket pedig tűzzel-vassal irtandó eretnekségként kezelték. Internálótáborba kerültek még a köztörvényes bűnözők és olyan "antiszociális" egyének, mint a homoszexuálisok, romák, prostituáltak, munkakerülők. 1938-ban 30 000 foglyot tartottak így fogva. A koncentrációs táborok célja nemcsak a bűnösök kivégzése volt, hanem a lassú halál elérése a fokozott testi, lelki leépülés útján. A halál csak az utolsó állomás, addig az időt szenvedéssel és megaláztatással kell kitölteni - a táborok eszerint alakították ki saját világukat. A halálozási arány az idő és a háború előrehaladtával növekedett. A táborok száma is egyre nőtt, míg végül behálózták az egész Német Birodalmat.
A háború előtti időszak három legnagyobb tábora a München közelében lévő Dachau, a Weimar melletti Buchenwald és a Berlinhez közeli Sachsenhausen volt. A náci hatalom konszolidációjával Gross Rosen, Flossenburg, Neuengamme, Ravensbrück, az Anschluss után pedig a Linz melletti Mauthausen is rákerült a táborok térképére. A háború keleti kiterjesztésével Auschwitz, Treblinka, Sobibor, Maidenek, Belzek, Stutthof és a német területeken Natzweiler, Bergen-Belsen, Neubremm épült ki. Az egész hálózat 1945-re 15 nagy központi táborból és 900 kisebb egységből állt - a becslések szerint mintegy tízmillió halottal. A munkatáborokban a megszállt területek lakosságának és a szovjet hadifoglyoknak a munkáját használták Németország háborús hadipotenciáljának növelésére. 1939. szeptember 26-án például Lengyelország teljes zsidó lakosságát kényszermunkára kötelezték. A munkatáboroknak két típusa létezett 1942 végén: az ún. SS-táborok, melyek nagyobb gettók mellett, az SS irányítása alatt működtek, ahol a férfiak és a nők különválasztva éltek, illetve az ún. gyári táborok, melyek magántulajdonú német cégek, vállalkozások irányítása és "gyári őrség" (Werkschutz) ellenőrzése alatt működtek. Itt a férfi és a női munkaerő egy táborban lakott. Sok helyen a nőkkel is nehéz fizikai munkát végeztettek, mert a magáncégek lízingdíjat fizettek a munkaerőért, és a nőkért kevesebbet számított fel az SS.
A munkatáborokban a munkaadó az elemi feltételeket biztosította, hogy a termelés érdekében a munkaerő életben maradjon, míg a megsemmisítőtáborokban a foglyok dolgoztatásának célja a "munka általi megsemmisítés" volt - mindenfajta gazdasági racionalitás nélkül. Amikor 1941. október 23-án megtiltották a zsidók kivándorlását a Harmadik Birodalomból és a megszállt Európából, a fizikai és területi elszigetelés helyett a fizikai megsemmisítés lett a táborok elsődleges célja. Ezután hozták létre az első megsemmisítőtáborokat Lengyelországban. Himmler és Heidrich még 1939-ben létrehozta a Különleges Akciócsoportot (Einsatzgruppen) - négy egységét A, B, C, D betűkkel jelölték -, mely az SS-nek különálló és hatékony haderőt biztosított. Céljuk a keleti fronton előrenyomuló hadsereg mögött a zsidók és a politikai komisszárok megsemmisítése volt, így e csoportok csökkentették a hadsereg szerepét az ilyen típusú feladatok végrehajtásában. Az A. csoport (Gruppe A) például Belorussziában 1942. január 31-éig 229 052 zsidót ölt meg. A feladat végrehajtása azonban lassú volt, és nagy pszichikai megterhelést rótt a végrehajtókra.
Ekkor született a gázosító teherautó ötlete. Mindez technológiailag más minőséget jelentett az addigi eseti tömegmészárlásokkal szemben - ezzel a módszerrel egy-két tucat embert gyilkolhattak meg 10-15 perc alatt. Raul Hilberg szerint a náci hatalomátvétel és 1940 között 100 000 zsidót öltek meg. 1941-ben Lengyelország elfoglalásával a gettóba zárás embertelen körülményei, az alkalmankénti mészárlások és az Einsatztruppen tevékenysége miatt 1, 1 millió zsidó vesztette életét. 1942-ben már 2, 7 millió zsidót öltek meg a "végső megoldás" keretében időközben kiépült megsemmisítőtáborokban. Az első megsemmisítőtábor Chlemnóban kezdte meg működését 1941 decemberében, mikor a lódzi gettó lakosait gázosították el teherautókban. 1944 nyaráig, míg a Vörös Hadsereg fel nem szabadította a területet, 320 000 embert gyilkoltak meg egyedül ebben a táborban. További megsemmisítőtáborokat hoztak létre 1942 tavaszán Belzec Reinhard keretében, mely célul tűzte ki az összes zsidó megsemmisítését a lengyel területeken. Sobibor, Treblinka térségében 7 millió zsidót gyilkoltak meg szénmonoxiddal. A holttesteket az a Sonderkommando válogatta át és a pszichológiai problémákat is feloldotta, mely maga is foglyokból állt.
A Harmadik Birodalmat behálózó táborok rendszere komoly gazdasági jelentőségre tett szert. Az elhúzódó háború miatt a hadseregnek évi két-két és fél millió új katonára volt szüksége, de az új korosztályok sorozásából maximum egymillió katona került a hadseregbe - az újoncok további részét a termelésből vonták ki, a német munkaerőt pedig kényszermunkásokkal helyettesítették. A kényszermunkarendszer négy ember ellenőrzése alatt működött: Keitel a hadsereg részéről felelt a munkaerő utánpótlásáért, Albert Speer és Fritz Sauckel a gazdaság oldaláról jelentkező igényeket közvetítette, illetve az egész programot ellenőrizte, Himmler pedig az SS irányításával a potenciális kényszermunkásokat "birtokolta" a táborokban és a munkahelyeken. Keitel és Speer több esetben szembekerült Himmlerrel abban a kérdésben, hogy kinek a tulajdonát is képezik a kényszermunkások. Speer már 1942 szeptemberében javasolta kényszermunkások magáncégeknél történő alkalmazását a termelés hatékonyságának fokozása érdekében, de ebben nem kis szerepe volt az SS növekvő gazdasági hatalmával szembeni személyes ellenérzésének, melynek a Nürnbergi tárgyaláson hangot is adott. Az SS intézményét azonban nem lehetett megkerülni, hiszen módszereire és embereire szükség volt a rendszer egészének működtetéséhez. A táborokból nemcsak a meggyilkoltak személyes értékei áramlottak a különböző bankokba, hanem kényszermunkájuk ki nem fizetett bére is Németországot gazdagította. A táborok foglyait birodalomszerte alkalmazták a termelésben. Először is a legtitkosabb és legnehezebb fizikai munkáknál, mint a föld alatti gyárak kialakításánál, tehát ahol a szakképzettség nem számított, csak a nyers fizikai erő. Kényszermunkások építették a téglagyárat Klinkerben, az autópályát Annabergben, csatornát ástak Wanslebenben, repülőteret alakítottak ki Kelet-Poroszországban.
1944 szeptemberében hét és fél millió külföldi munkás, valamint két és fél millió hadifogoly dolgozott Németországban. A nürnbergi tárgyaláson Sauckel beismerte, hogy a háború alatt Németországban dolgozó ötmillió külföldi munkásból csupán kétszázezer fő volt önkéntes. A Krupp-művekben minden harminckilencedik munkást a koncentrációs táborokból állították a futószalag mellé. A számok megállapítása nehéz, hiszen a nyilvántartásokat megsemmisítették vagy meghamisították. A "végső megoldás", a gázkamra mindvégig titkos maradt. A nácik nagy hangsúlyt helyeztek a valóság elrejtésére. A deportáltak nem tudták, mi fog velük történni, azt hitték, hogy csak áttelepítik őket. A nácik folytatták a megtévesztést, hiszen a gázkamrák úgy néztek ki, mint a zuhanyozók, és az áldozatoknak azt mondták, hogy fertőtlenítik őket. Rudolf Hoess, az auschwitzi tábor parancsnoka szerint mindennek "a lehető legnagyobb nyuga1om légkörében" kellett lezajlania. A treblinkai tábor vezetője, Franz Stangl 1971-ben egy interjúban elmondta: a deportáltak megnyugtatására a tábor bejáratához még hamis vasúti állomásépületet is építettek, órával, melynek festett mutatói voltak, és állítása szerint senki nem vette észre, hogy az óra mindig ugyanazt az időt mutatja. Még útjelző táblákat is kitettek, melyek az irányt mutatták Varsó és Bialystok felé. A haláltáborokba megérkezve, mind a férfiak, mind a nők minden tulajdonuktól megfosztva válogatáson estek át. Az erős, fiatal férfiakat és nőket munkára osztották be, a többieket rögtön megölték. A táborlakókat megfosztották nevüktől, helyette számot tetováltak a karjukra, hajukat leborotválták, csíkos ruhát és facipőt kaptak. A nehéz fizikai munka, a hideg tél, az éhezés, a járványok, a tisztálkodás hiánya megnehezítette a túlélést. A nácik a foglyok önbecsülését akarták megtörni, és csak azoknak volt esélyük az életben maradásra, akik a folyamatos érzelmi és fizikai megaláztatás ellenére meg tudták őrizni önbecsülésüket. A zsidó foglyok között azonban erős volt az "ártatlanság csapdája", mely gyengítette az ellenállást, hiszen azt várták, a nácik maguktól rájönnek arra, hogy milyen hibát követtek el ártatlanokat deportálásával. E foglyok így lelkileg felkészületlenül kerültek szembe a tábori megpróbáltatásokkal, hiszen egy külső, akaratukon kívül álló tényező megváltozását várták.
A táborokban a létezés, az életben maradás már önmagában szembeszegülést jelentett a náci hatalom szándékaival, mely a foglyok fizikai megsemmisítésére törekedett. Az emberi méltóság megőrzése volt az ellenállás következő foka, melyet a náci rendszernek okozott közvetlen kár, például a hadi termelésben elkövetett szabotázs követett. Az ellenállás központjai a tábori kórházak voltak, hiszen itt nagyobb tér nyílt a cselekvésre. A vallásgyakorlás, a kulturális tevékenység, tanítás-tanulás, esetleg versek írása vagy rajzolás mind-mind ellenállást jelentettek a megsemmisítő akarattal szemben. Szökésre, fegyveres ellenállásra kevesebb esély volt, mint a "gyengék fegyverének" használatára. A szökés, melynek mindig kétséges volt a kimenetele, a táborban maradókat veszélyeztette. Ez később hozzájárult a túlélőkben megfogalmazódott erkölcsi kérdéshez: miért éppen ők maradtak életben, és vajon kinek az élete árán?