A hajó készletei lassan kimerültek, a legénység folyamatosan harci készültségben volt, a brit hajók azonban rendre elkerülték a tengeralattjáró útvonalát. Szeptember 16-án az U-29 hazafelé vette az irányt. A heteken át tartó csendet szeptember 17-én, este 19.30-kor törte meg az őrszem kiabálása: "Jobbra mögöttünk hajó!" Otto Schuhart felkapta kabátját, és a toronyba sietett. Kis keresgélés után rábukkant a jelzett egységre: hatalmas test, sehol egyetlen árboc, sík fedélzet, hatalmas torony - nem csoda, hogy az őrszem első pillantásra kéménynek nézte. Egy brit repülőgéphordozó közeledett feléjük: pazar célpont, amelyet semmiképpen nem szabad elszalasztani. A hajó még messze volt, a sötétség pedig egyre sűrűsödött, a búvárnaszád üzemanyagkészletei pedig ugyancsak szűkösek voltak. A kapitány döntéskényszerbe került: ha meg akarja semmisíteni a brit repülőgéphordozót, egyetlen másodpercet sem veszíthet. Schuhart nem sokat gondolkodott, azonnal kiadta a parancsot: merülés periszkópmélységre.
Az U-29
némán várakozott a felszín alatt, a személyzet feszült csendbe
burkolózott. A kapitány a periszkóp segítségével, figyelemmel követte a
hajó útját: a brit haditengerészet repülőgéphordozója nagy sebességgel
haladt az U-29 felé. Pár perc elteltével Schuhart már a hajó oldalára
festett feliratot is el tudta olvasni: Courageous. A kapitány ismerte a
brit flotta egyik büszkeségét, és jól tudta, hogy a HMS Courageous
elsüllyesztésével komoly haditettet hajthat végre - a sors pedig szinte
tálcán kínálta fel neki a lehetőséget. A kapitány a célpont távolságát
és sebességét figyelembe véve kiszámolta a lőelemeket, ellenőrizte az
adatokat, majd továbbította a tüzértiszt felé. Az altiszt
visszajelzett: egyes és kettes cső tüzelésre kész. A kapitány kiadta a
tűzparancsot. Két torpedó indult el a HMS Courageous repülőgéphordozó
felé, majd becsapódtak. A hajó oldalánál magas vízoszlop emelkedett a
levegőbe, és hatalmas robbanás rázta meg a fedélzetet. Tűz ütött ki, a
hajótestből ömlött a füst, és a 22.500 tonnás HMS Courageous az
oldalára dőlt. A sík fedélzeten álló repülőgépek egymásra torlódtak,
majd belecsúsztak a tengerbe. A hajó menthetetlenül süllyedt alá, a
legénység a mentőcsónakok felé rohant.
A HMS Courageous elsüllyesztése megrendítő csapás volt a brit Admiralitás számára: a haditengerészet elvesztett egy 22.500 tonnás repülőgéphordozót és a fedélzeten lévő teljes gépparkot. Az 1260 fős legénységből 514 fő eltűnt. A brit Admiralitást a HMS Courageous elvesztése könyörtelenül szembesítette azzal a ténnyel, hogy a repülőgéphordozók nem kifejezetten alkalmasak a modern tengeralattjárók elleni hadviselésre, így azonnal visszavonta a búvárnaszádok elleni vadászatra kiküldött repülőgéphordozókat. A Kriegsmarine ellenben hangosan ünnepelt. Szeptember 26-án az U-29 teljes legénysége megkapta a másodosztályú Vaskeresztet, Otto Schuhart kapitányt pedig első osztályú Vaskereszttel tüntették ki harctéri érdemeinek elismeréseképpen. 1939. szeptember 17-én a Courageous volt a brit hadiflotta első jelentős vesztesége a második világháborúban.
